Los pobladores más antiguos de Peracense, al menos de los que queda constancia de su asentamiento estable, son de época íbera. Así lo atestiguan yacimientos arqueológicos como el de El Palomar -situado en las inmediaciones del actual núcleo urbano-, o los restos hallados en el castillo, donde se han encontrado fragmentos de cerámica ibérica que pueden indicar la presencia de un asentamiento anterior a la construcción de la fortaleza.

Lo que sí sabemos es que la primera referencia documental a la existencia de Peracense la encontramos fechada en 1220 en el Cartulario de Aliaga, documento que contiene transcripciones de varios documentos originales relativos a la fundación de la Orden del Temple en la citada localidad turolense. En este caso, Peracense aparece destacado como un límite geográfico.

Hasta 1336 Peracense perteneció a la familia y herederos de Juan Jiménez de Urrea, quienes vendieron la localidad, junto con Almohaja, a la Comunidad de Aldeas de Daroca, integrándose desde ese momento en la sesma del Río Jiloca. A partir de la disolución de la Comunidad de Aldeas pertenece sucesivamente a la sobrecullida de Daroca (1488-1495), a la vereda de Daroca (1646) y al corregimiento de Daroca (1711-1833). En 1785 pasa de ser considerada aldea a lugar, rango que mantiene hasta 1834, año en el que se constituye como Ayuntamiento, primero del partido judicial de Albarracín y, a partir de 1965 del de Teruel.